何賢紀念醫院前身是番禺區婦幼保健院，始建于1965年，1983年由已故澳門知名人士何賢先生捐資選址新建，1986年政府為紀念何賢先生愛國愛鄉的善舉，特將番禺縣婦幼保健院同事命名為何賢紀念醫院。2009年通過高等醫學院校非直屬附屬醫院評估認定，成為南方醫科大學附屬何賢紀念醫院。
何賢紀念醫院重視醫院的內涵建設，提高醫療質量和服務質量，醫院的醫療業務量不斷增加，年門診量超過96萬人次，年住院病人在1.84萬人次以上，近幾年醫院固定資產以每年超過10%的速度增長，醫院的綜合實力不斷增強。
環境優雅，布局合理。醫院占地面積1.2萬平方米，醫療業務用房面積3萬多平方米，開放病床500余張，環境優美，布局合理；逐步實現信息化管理，優化流程，為病人提供快捷、方便的醫療服務。
人才濟濟，學科齊全。醫院現有高級技術職稱人員113名（其中正高10名），中級技術職稱人員230名；臨床及婦幼保健科室齊全，開設一級學科21個、二級學科45個，設有專家、專科門診46個。2006年，番禺區重癥孕產婦救治中心、番禺區重癥兒童救治中心在何賢紀念醫院成立。
設施完善，設備先進。醫院配置有四層螺旋CT機、全數字化乳腺X光診療系統、C臂數字減影X光機、電子內鏡、腹腔鏡、三維彩色B超、體外震波碎石機、全自動生化分析儀等先進的醫療設備。
技術精湛，管理科學。何賢紀念醫院產科、新生兒科是番禺區重點學科，心血管內科、消化內科、泌尿外科、骨外科、婦科腫瘤、生殖醫學科、小兒腎病、婦女兒童保健等專業已經初具特色，學科建設逐步完善，專業特色不斷增強。外科1993年成功開展了番禺地區首例斷肢再植手術；先后成功開展了亞洲第六例骶神經刺激器植入術和廣東省首例人工尿道括約肌植入術；1995年，率先在本地區引進腹腔鏡技術，目前每年開展腹腔鏡手術超過500例，居番禺地區第一位。內科開展了逆行胰膽管造影、十二指腸乳頭括約肌切開膽管取石、金屬支架植入治療膽總管狹窄、纖維支氣管鏡下肺泡灌洗、臨時及永久性心臟起搏器植入術、心導管室速射頻消融治療、急性心梗溶栓治療、血液凈化治療、腫瘤超選化療等先進的技術項目。婦產科年分娩量達4200多人次，居廣州地區醫院的前列；開展分娩前后一條龍服務，建立了胎兒中央監護系統和孕產婦重癥監護室（MICU），竭力確保母嬰安全；開展了腹腔鏡、自凝刀等先進的微創治療技術；擁有國際先進的全數字化乳腺X光診療系統，可早期發現和早期診斷乳腺癌，從而及時采取保乳手術進行治療，不僅挽救了病人的生命，而且提高了患者的生活質量；開展的夫精人工授精技術通過了廣東省衛生廳的專項技術評審，為不孕不育夫婦帶來福音。兒科配備有先進的監護和治療設備，建立了新生兒重癥監護室（NICU），開展了新生兒全血置換術、肺表面活性物質替代療法防治新生兒肺透明膜病、新生兒床旁血氣分析、兒童哮喘病的吸入治療等診療項目，提高了兒童和新生兒疾病的救治水平。保健科擔負全區兒童和婦女兩大系統保健工作的指導和管理職能，建立了全區婦幼保健網絡系統，為降低孕產婦和圍產兒死亡率作出了應有的貢獻。
1992年以來何賢紀念醫院獲廣東省、廣州市、番禺區科委立項的科研項目60多項，有3個科研項目獲得廣東省、廣州市科技進步獎，2個項目獲得專利。1998年以來有300多篇醫學論文刊登在全國各級醫學雜志上。2002年通過了廣東省高等醫學院校教學醫院的資格評審。2001-2004年連續四年被評為番禺區文明單位。2007年廣東省健康教育項目的孕期健康教育中心在何賢紀念醫院落戶。婚前檢查項目被指定為番禺區唯一免費婚檢機構，成為廣州地區婚前保健工作示范點。多年來，何賢紀念醫院產科分娩量居廣州市各醫院前列，曾榮獲廣州市區級產科質量評比第一名。醫院先后被評為廣州市價格誠信單位、番禺區文明單位和醫療衛生先進單位等稱號。在中國疾病預防控制中心婦幼保健中心《2005年全國縣（區）級28個省1965家婦幼保健機構資源與運營情況調查分析報告》中，何賢紀念醫院在專業設備、固定資產、年業務收入、實有床位數、年門診診療人次數、出院人數等7個項目排名第一，婦幼保健整體綜合實力位居全國同行前列。